Le régime des plus-values de cession de l’actif immobilisé est applicable à l’indemnité transactionnelle reçue par une entreprise individuelle locataire de son bailleur regardée comme correspondant au rachat du droit au bail commercial par ce dernier alors même que ni le fonds de commerce, ni le droit au bail ne sont inscrits à l'actif du bilan de l'entreprise ; le bail commercial faisant partie, par nature, des éléments de l’actif immobilisé.
En effet, cette indemnité est prévue par un protocole transactionnel conclu entre le locataire et le bailleur dont l’objet est de mettre fin à tout litige relatif au bail commercial, les deux parties s’y engageant notamment à renoncer définitivement à toute action relative à l’exécution ou à la cessation du bail commercial, pour permettre, d’une part, au locataire de vendre son fonds de commerce et, d’autre part, au bailleur d’obtenir la libération des locaux loués afin de conclure avec les acquéreurs du fonds, un nouveau bail commercial. La conclusion de ce protocole transactionnel, la cession du fonds de commerce et la conclusion d’un nouveau bail commercial avec les acquéreurs de ce fonds sont indissociablement liés par des conditions suspensives réciproques.
A noter :
La question posée au tribunal administratif de Montreuil était de savoir si l’indemnité transactionnelle constitue ou non un élément de l’actif immobilisé pour l’application de l’article 39 duodecies du CGI. Faisant application de la jurisprudence du Conseil d’État sur le régime fiscal d’une indemnité (notamment CE plén. 12-3-1982 n° 17074 ; CE 9-12-1991 n° 65544), le tribunal y répond par l’affirmative. Il se fonde sur les dispositions du protocole transactionnel conclu entre les parties pour considérer que cette indemnité a pour objet la libération des locaux et la vente du fonds de commerce, expurgé de tout litige né ou à naître. Notons que le rapporteur public Youssef Khiat relève dans ses conclusions que cette indemnité est un élément du prix du fonds de commerce : en l’absence de son versement, ce dernier aurait été cédé à une valeur moins importante et les loyers du bail commercial versés par le nouvel acquéreur auraient été nécessairement plus faibles. Cette indemnité transactionnelle apparaît, dans l’intention des parties, comme un élément indissociable du fonds de commerce et du droit au bail, éléments de l’actif immobilisé.